台灣外交部推動與巴布亞紐幾內亞建交款項疑遭中間人侵吞案延燒到台灣民進黨政府高層。和此案相關的行政院、外交部及國防部高層官員相繼請辭獲准。此前，負責偵辦此案的檢察單位對這些官員的辦公室和住處進行大規模搜索，並帶走相關文件及資料。
台灣爆發外交金援醜聞，案情不斷擴展，雖然離新舊政權交接不到兩個星期，但是民進黨政府裏已經有多名高層官員因此辭職。被認為是這一案件的主導者，上星期還沒有請辭打算的行政院副院長邱義仁星期二召開記者會宣佈決定辭職，而辭呈也已經得到行政院長張俊雄的批准。
他向媒體說明他的辭呈內容說：”茲因巴紐建交案，所托非人，造成國家社會重大損失與紛擾，身為政務官自應負起政治責任。第二、現本案既已由檢調進行調查，我辭去現職，以利司法程式順當進行，我也早日厘清案情，還我清白。”
邱義仁表示，雖然距離政權交接沒剩幾天，此時下臺意義不大，他現在已經被列入此案的被告，不適合再擔任副院長的職務。
在邱義仁召開記者會後不久，外交部長黃志芳也召開記者會，宣佈他向長官請辭，也獲得批准。
黃志芳說：“這件事情對國家造成的傷害，本人在此要再度誠摯向全體國人同胞致歉。過去幾天，我跟同仁連夜加班，把所有事證整理齊備，讓案情早日水落石出。”
黃志芳表示，他相信司法最後一定會還給他本人以及外交部同仁清白。此外，被指稱把此案中間人金紀玖和吳思材介紹給邱義仁的國防部副部長柯承亨也在同一天提出辭呈，國防部長蔡明憲也予以準辭。
柯承亨因父親過世從此案爆發後一直請喪假沒有露面，都是通過國防部發表聲明。
*檢調搜查高官辦公室及住所*
在這三名官員請辭獲准的同一天早上，負責偵辦此案的台北地檢署大規模搜索了邱義仁、黃志芳和柯承亨的辦公室及住處。台灣媒體報導說，這是司法史上檢察單位對行政部門行使強制搜索權，搜索層級創最高記錄。據報導，檢方帶走了三人有關巴布亞紐幾內亞建交案的公文、文件、資料、手機等。
2006年底，時任國安會秘書長的邱義仁在國防部副部長柯承亨介紹下推薦自稱認識巴布亞紐幾內亞高層人士的吳思材和金紀玖給外交部長黃志芳，金紀玖和吳思材要求台灣外交部把三千萬美元匯入兩人在新加坡銀行的聯合帳戶，做為建交款項，不過建交未成，金紀玖下落不明，三千萬美元公款也疑遭侵吞。
台灣檢方已經以侵佔公有財務罪拘押吳思材，並正通過各種管道追查金紀玖的下落。
關鍵詞：台灣，國安會，邱義仁，國防部，外交部，黃志芳，外交金援案
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